КазНИИЗиКР является единственным специализированным учреждением в республике, которое осуществляет поиски путей защиты растений.

Казахский научно-исследовательский институт защиты растений создан Постановлением Совета Министров Казахской ССР за № 155 от 21.02.1958 г. на базе Республиканской станции защиты растений и функционирует с 01.03.1958 г.

В связи с важностью охраны территории Республики Казахстан от проникновения инвазийных карантинных вредных организмов институт в 2008 г. преобразован в Казахский НИИ Защиты и Карантина Растений (КазНИИЗиКР), в его составе Костанайский филиал и с 2012 года создан Южно-Казахстанский филиал.

КазНИИЗиКР является единственным специализированным учреждением в республике, которое осуществляет важные в стратегическом, экологическом, экономическом и социальном планах поиски путей повышения эффективности научных исследований в области защиты и карантина растений.